認定工場制度とは、会員工場において衛生管理自主基準に基づく衛生管理が正しく行われているかを、定期的に診断・検証する制度です。
この制度は ､1981年から実施されています。
　会員となった企業の工場は、一定期間内に、第三者機関による工場診断を受けることが義務付けられています。

　認定を受けた工場は、「自社工場の認定番号を表記した認定標識」と「認定証」を掲げ、衛生的に管理された工場の証しとすることができます。

認定証 （応接室等に掲げられます）	認定標識 （工場の入口に掲げられます）

　認定工場で製造・加工された製品には、認定表示マークを付けることが出来ます。これをもって衛生的に管理された工場の製品としての証としています。

認定表示 （製品ラベル等に印刷します）

　認定工場の認可申請をするためには、事前に食品環境検査協会による診断に合格することが前提となっています。
　認定工場制度を支える認定診断は、厳正な第三者として公的機関である一般財団法人食品環境検査協会（旧：日本缶詰検査協会）に委嘱しており、別に定めた診断項目にしたがって公正な評価が行なわれます。
　診断項目には「加工衛生管理に関する事項30項目」（ソフト面）並びに「構造設備に関する事項15項目」（ハード面）があります。